Desa Pagubugan Kulon merupakan sebuah pedesaan di Kabupaten Cilacap yang termasuk pada wilayah Kecamatan Binangun, Kabupaten Cilacap. Memiliki luas area sebesar 5,57 Km2 dan merupakan wilayah terluas sekecamatan Binangun sebesar 10,37% dari total luas area keseluruhan Kecamatan Binangun yakni 53,73 km2. Secara administratif, Desa Pagubugan Kulon terbagi atas 3 dusun, yaitu Dusun Sidamangun, Dusun Pagubugan Kulon (Tlaga), dan Dusun Pagubugan Wetan (Tanjung).
Adapun batas administrasi Desa Pagubugan Kulon sebagai berikut:
Sebelah Utara berbatasan dengan Desa Pesawahan
Sebelah Selatan berbatasan dengan Samudra Hindia
Sebelah Barat berbatasan dengan Desa Sidaurip
Sebelah Timur berbatasan dengan Desa Pagubugan